เมื่อฟอสซิลของโปเกมอนในตำนาน “มิว” ถูกค้นพบและนำไปพัฒนาต่อยอดโดยนักวิจัย พวกเขาได้สร้างสิ่งมีชีวิตที่ขัดกับกฎแห่งธรรมชาติอย่างสิ้นเชิง  โปเกมอนในตำนาน “มิวทู” ถือกำเนิดเพื่อจะเป็นอาวุธแห่งการทำลายล้าง แต่เมื่อมิวทูตระหนักรู้ถึงต้นกำเนิดอันแปดเปื้อนของตนเอง ไฟแห่งความโกรธและการล้างแค้นก็ได้ถือกำเนิดขึ้น – ซาโตชิ และพิคาชู คู่หูผู้รู้ใจต้องเผชิญกับเหตุการณ์ต่าง ๆ ท่ามกลางการอาละวาดของมิวทู ด้วยอนาคตของโลกแห่งโปเกมอนเป็นเดิมพัน พวกเขาจะสามารถเอาชนะมิวทูได้หรือไม่ หรือเจ้าโปเกมอนในตำนานตัวนี้จะสามารถค้นพบความหมายของชีวิตกันแน่