เนื้อหาของภาคนี้เริ่มด้วยเหตุการณ์ตามคลิปโปรโมต 10 นาทีแรกของภาพยนตร์ ที่กลุ่มของพวกมิซาโตะ ออกปฏิบัติการชิงพื้นที่ ๆ ปารีส เพื่อทำการปักเสาสีดำที่มีประสิทธิ์ภาพในการเปลี่ยนแปลงพื้นที่สีแดงที่พังทลาย ให้กลับมามีสภาพปกติได้ และเก็บกู้อุปกรณ์ที่จะใช้กับเครื่องเอวานเกเลียน 02 ที่พังชำรุดในภาคที่แล้ว ให้กลับมาต่อสู้ได้อีกครั้ง ในขณะที่พวกชินจิ อาสึกะ และเรย์ ก็ยังคงเดินทางเร่ร่อนในดินแดนที่พังทลาย แต่ก็มี “กลุ่มคนกลุ่มหนึ่ง” มาพบและช่วยเหลือพวกเขาไว้ และกลุ่มคนพวกนี้เอง ก็จะนำพาเรื่องราวที่จะช่วยตอบหลาย ๆ ข้อสงสัยของภาค 3.0 ได้มากขึ้น