เรื่องราวของ Ghost in the Shell SAC_2045 จะอยู่ในช่วงปี 2045 ที่มีการเกิดวิกฤตทางเศรษฐกิจที่ชื่อว่า “การกลับสู่ค่าเริ่มต้นพร้อมกันทั่วโลก” การพัฒนาอย่างต่อเนื่องของ AI ทำให้โลกเข้าสู่สภาวะสงครามยืดเยื้อ แต่ผู้คนทั่วไปก็ยังไม่ตระหนักถึงภัยคุกคามที่ยังมาเยือนชีวิตประจำวัน Kusanagi Makoto

ไซบอร์กสาวและหัวหน้าของเธอ Batou อดีตสมาชิกของหน่วยรักษาความปลอดภัยสาธารณะที่ 9 ได้ถูกจ้างเป็นเดินทางไปยังชายฝั่งตะวันตกของอเมริกาที่ร้อนระอุ ดินแดนที่เต็มไปด้วยโอกาสในหน้าที่ที่ทำให้พวกเขาได้ใช้ประโยชน์เพื่อพัฒนาสมองไซเบอร์และทักษะการต่อสู้จากการทำงานในหน่วยที่ 9 แต่ว่าหลายสิ่งก็เริ่มเกิดความซับซ้อนขึ้นเมื่อมีการแทรกแซงของสิ่งที่เรียกว่า “Post Human” เข้ามา โดยพวกนั้นเป็นพวกที่มีปัญญาระดับสูงและพลังกายที่แข็งแกร่ง ทำให้หน่วยที่ 9 ต้องกลับมารวมตัวกันอีกครั้ง